В 2001 году впервые в России при помощи американских коллег выполнен механический шов центрального анастомоза у больного. С 2005 года при коррекции аневризм левого желудочка с митральной недостаточностью используется техника сближения папиллярных мышц.
27 февраля 2001 года вышло распоряжение губернатора Пермской области Юрия Трутнева о создании Пермского Института сердца путем реорганизации областного центра сердечно- сосудистой хирургии и областного кардиологического диспансера. Теперь Институт сердца располагался в двух зданиях в центре Перми – к хирургическому корпусу на улице Луначарского присоединился терапевтический – на улице Сибирской. В 2007 году на его территории возведен храм-часовня во имя великомученика Георгия Победоносца.
Благодаря неустанному труду всего коллектива в 2004 году Пермский Институт сердца занял 3-е место в Российской Федерации по объему выполненных операций с использованием искусственного кровообращения. На протяжении всех последующих лет Институт сердца не выходил из лидирующей тройки, выполняя ежегодно по 5 тысяч операций, 3 тысячи из которых – на открытом сердце. Во всей России только в Пермском крае выполняется 1000-1200 операций на 1 млн. населения, что полностью соответствует рекомендациям Всемирной организации здравоохранения. Последние 10 лет Пермский Институт сердца устойчиво занимает первое место в России по обеспеченности населения операции по профилактике ишемических инсультов — на брахицефальных сосудах, питающих головной мозг.
В 2001 году под влиянием американских профессоров из клиники Мейо Н. Шаффа и К. Зера и при близком сотрудничестве с израильским кардиохирургом Л. Стерником в Институте сердца были выполнены первые операции по поводу мерцательной аритмии.
В 2000 году выполнены первые 4 операции у детей с ВПС в возрасте до года. Сейчас дети до года составляют 50% всех прооперированных детей.
В 2004 году профессором Сухановым С.Г. начат наиболее сложный раздел работы – кардиохирургия новорожденных. Проведены первые операции артериального переключения при транспозиция магистральных сосудов (ТМС), операции Норвуда при гипоплазии левых отделов сердца, открытая комиссуротомия при критическом стенозе аортального клапана.
В развитии пермской кардиохирургии приняли и продолжают принимать активное участие специалисты из разных стран мира: с 1995 года – кардиохирург профессор Арам Смолинский из Израиля, в 1999 году в международную программу Института сердца включается кардиохирург из США профессор Кентон Джеймс Зер, в 2001 – профессор из Швейцарии Тьерри Каррель.
2 февраля 2005 года Пермский Институт сердца стал первым на Урале академическим учреждением – филиалом НЦССХ им. А.Н. Бакулева РАМН.
Мощная региональная кардиохирургическая база – талантливые специалисты и накопленный опыт – сделала свое дело. 5 мая 2007 года Правительство Российской Федерации выпустило постановление о строительстве Федерального центра сердечно-сосудистой хирургии в Перми. Благодаря прежде всего успехам Пермского Института сердца было решено построить в Пермском крае Федеральный центр сердечно-сосудистой хирургии. Несмотря на то, что изначально по национальному проекту «Здоровье» предполагалось, что таких центров будет по одному на федеральный округ, в Приволжском – два федеральных центра: в Пензе и в Перми.
18 июля 2011 года министр здравоохранения и социального развития РФ Татьяна Голикова подписала приказ о назначении профессора С.Г. Суханова руководителем Федерального государственного бюджетного учреждения «Федеральный центр сердечно-сосудистой хирургии» Минздравсоцразвития РФ (г. Пермь).